导演：汤山邦彦 须藤典彦
编剧：富冈淳广 园田英树 武上纯希 米村正二 大桥志吉 藤田伸三
地区：日本
年代：2010
类型：动画 冒险
剧集：144集 已完结 已更新至144集 大结局
总算抵达飞云市了。当地不愧是被称为合众地方中心的城市，四处都是高耸的建筑大厦。小智的目的当然是与亚堤进行道馆赛……可是，在街上与一行人偶遇的亚堤却说，现在有很挂心的事情，没心思进行道馆赛。问题就在，城里的虫系神奇宝贝们出现奇怪的反应。为了查明原因，小智他们展开共同行动，最後追到了地下水道。就在那里，出现了一只「蜈蚣神奇宝贝」百足蜈蚣。而且，它就像亚堤说的一样，情绪躁动又显出强烈的敌意。而这个变异，隐藏著令人恐惧的事实!!
